醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點專科，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

北京同仁醫(yī)院眼底?？片F有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內規(guī)模大、綜合實力強的眼底病團隊。團隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關研究方向，在視網膜脫離、糖尿病視網膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復雜眼底病的臨床領域處于國際前沿。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷?？?。北京同仁眼外傷?？萍夹g力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。

近年來眼外傷?？圃趪鴥嚷氏乳_展各種眼外傷、眼底病的診治新技術，包括顯微眼內窺鏡下的視網膜脫離復位、眼內異物取出以及眼內窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網膜手術，在“微創(chuàng)意識”引領下積極開展微創(chuàng)玻璃體視網膜手術，以小侵襲或損傷達到佳手術療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術聯合角膜移植、各類兒童玻璃體視網膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術、兒童復雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。