醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內科、心外科、神經(jīng)內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點專業(yè)。多年來，在國內眼科學界長期占據(jù)優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學會眼科學分會青光眼學組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會眼科學分會青光眼委員會主任委員單位。

青光眼科主要的特點和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結合。在保持原有臨床技術優(yōu)勢的情況下，注重基礎科研工作，在國內學術界具有優(yōu)勢。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷?？?。北京同仁眼外傷?？萍夹g力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。

作為具有同仁特色的科室，眼外傷?？铺貏e注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟?？频暮献?，在交叉復合學科發(fā)展上在國內獨樹一幟。眼外傷?？婆c耳鼻喉科成立了鼻眼相關中心，聯(lián)合開展了復合路徑下的眶壁骨折整復術、多重療法的視神經(jīng)管減壓術、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術和眶-鼻竇異物取出、眶面復合創(chuàng)傷多學科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術、眶顱異物取出術，大大提高了手術成功率。